Mi última teoría

Puede ser que los pasadizos subterráneos del internado fue un antiguo búnker, escondrijo, cuartel, laboratorio de operaciones, o algo similar, perteneciente a los nazis o falangistas durante la guerra civil. Hay muchos indicios nazis en el internado.

También se especula por internet que el bosque puede estar repleto de cámaras, y que las famosas "luciérnagas" servian para atraer a los niños y atraparlos.

En principio, la organización Géminis se creó para resolver problemas en partos de gemelos. Las operaciones se experimentaban con niños huérfanos (así no tenían que dar explicaciones a los padres).

Las investigaciones se corrompieron con el robo de obras de arte.

Después de la muerte de los cinco huérfanos, se cierra el orfanato, y el abuelo Pazos decide adoptar a Irene Espí, en ese momento se dispersan los miembros de la organización.
Se debió de realizar una repartición de objetos valiosos donde Don Joaquín (Dueño del antiguo orfanato y padre de Elsa) se quedó con el tríptico de El Bosco.
También es muy probable que la organización para la que trabaja Fermín/Carlos, y la organización Géminis, pudieron haber trabajado juntas, o estar relacionadas de alguna manera en el pasado. O quizás sean organizaciones rivales.
La importancia que le han dado ambas partes a Irene Espí puede que sea una prueba de ello.

Por otro lado, como ya sabemos, el anillo de Alfonso pertenecía a Don Joaquín (Padre de Elsa). Joaquín se lo cedió a Alfonso con algún fin (recordemos que el anillo abría algo), y el cuarto de Don Joaquín era el mismo donde estaba Alfonso.

Jacinta lo sabe todo, pero calló porque amenazaron a su hija (por entonces bebé) por lo que quizás por eso la abandonó.

Cristina Palacios fue una antigua alumna del internado que tuvo que descubrir secretos realmente importantes y comprometedores, por lo que Mateo tuvo como misión acercarse a Cristina, ganarse su confianza, y después matarla. En principio dan a entender que fue así, pero hay varias razones que lo ponen en duda:
- No se ha encontrado el cuerpo de la chica.
- ¿Por qué Mateo iba a guardar una foto con ella? Puede ser que Mateo se enamorase sin querer de Cristina, y la ocultase o finjiese su asesinato. Mateo puede que guarde la foto esperando su reencuentro con la chica.

Así que probablemente, cuando Cristina se entere de la muerte de Mateo, pueda regresará o se pondrá en contacto con los chicos y contará todo lo que sabe.

Podría ser que Amelia se acercara a Marcos para hacer algo similar a lo que en principio hizo Mateo. Pues es sabido que quieren cargarse a los chicos de uno en uno para no levantar sospecha. Puede ser que también Amelia se enamorase de Marcos, y por ello decide alejarse de él, incapaz de continuar con su misión, que puede ser bien la anterior mencionada o bien sonsacarles información a través del gallego.

Curiosa es la aparición de Noiret (padre adoptivo de Iván) en el mismo autobús donde viaja Amelia. Esto puede significar que al no cumplir con la misión, Amelia tendría que ser eliminada, y Noiret se encargaría de hacerlo.

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He tomado como base una teoría que he leído en
http://elinternadolagunanegra.mi-web.es/foro/viewtopic.php?t=3829
y la he adaptado a mi propio criterio.

Seguiremos informando.